任何肿瘤都有害健康，但危害程度不同，据此医学上将肿瘤区分为良性肿瘤和恶性肿瘤两大类。
良性肿瘤的瘤细胞在形态和功能上接近于相应组织的正常细胞，肿瘤多呈缓慢、膨胀性生长，压迫周围的正常组织，可以形成包膜，所以分界清楚。肿瘤在局部生长，产生压迫和阻塞等症状，但瘤细胞不会从原发部位脱落、转移到其他部位而形成新的转移瘤。因此，良性肿瘤大多数可被完全切除而不复发，能完全治愈，对人体危害较小。
恶性肿瘤瘤细胞的结构和功能与相应正常细胞有较大的差异，形态多变，功能异常。恶性肿瘤生长的速度快，常侵入周围的正常组织，分界不清。瘤细胞很容易从瘤体上脱落下来，通过淋巴管、血管或其他腔道运行到他处形成新的转移瘤。恶性肿瘤除了引起压迫和阻塞症状外，还可能合并出血、坏死、发热等。不少恶性肿瘤患者，尤其在疾病晚期可极度消瘦，称为恶病质。由于恶性肿瘤呈浸润性生长，难以完全切除，术后容易复发，而且肿瘤常常转移到局部淋巴结或向全身播散，难以彻底治愈。可以说良性肿瘤和恶性肿瘤在生物学特性和对机体的影响上有明显不同，具体区别如下：
良性肿瘤，细胞分化程度分化好，异型性小，与原有组织的形态相似；核分裂象无或稀少，无病理核分裂象；生长速度缓慢；生长方式，膨胀性或外生性生长，常有包膜形成，与周围组织一般分界清楚，故通常可推动包膜浸润性或外生性生长，无包膜，一般与周围组织分界不清楚，通常不能推动；不转移；手术切除后很少复发；对机体影响较小。
恶性肿瘤，细胞分化程度分化不好，异型性大，与原有组织的形态差别大；核分裂象多见，并可见病理核分裂象；生长速度较快；生长方式，常伴有浸润性生长继发改变很少发生坏死、出血常发生出血、坏死、溃疡等；常有转移；手术切除治疗后较多复发；对机体影响，主要为局部压迫或阻塞作用。如发生在重要器官也可引起严重后果较大，除压迫、阻塞外，还可以破坏原发处和转移处的组织，引起坏死、出血、合并感染，甚至造成恶病质。
良性肿瘤一般对身体影响小，易于治疗且效果好；恶性肿瘤对身体影响较大，治疗措施复杂。如果把恶性肿瘤诊断为良性肿瘤，就会延误治疗，或者治疗不彻底引起复发、转移。相反，如把良性肿瘤诊断为恶性肿瘤，也必然要进行一些不必要的治疗，使患者遭受不应有的痛苦、损害和精神负担。因此，区别良性肿瘤与恶性肿瘤，对于正确的治疗具有重要的实际意义。一般通过组织病理检查即可确定肿瘤的良恶性，在必要时应该结合临床表现和患者的一般状况等作全面的考察。
值得注意的是，良性肿瘤与恶性肿瘤之间有时并无绝对界限，有些肿瘤的表现可介于两者之间，称为交界性肿瘤。例如膀胱的乳头状瘤具有良性细胞形态，但容易复发，甚至转变成恶性肿瘤。有的良性肿瘤如血管瘤多无包膜，界限不清，切除后容易复发。
良性肿瘤发生在某些重要器官也可引起严重后果，例如颅内良性肿瘤（脑膜瘤、星形胶质细胞瘤）可压迫脑组织，阻塞脑室系统，导致极大的危害；又如发生在心脏的间皮瘤，仅数毫米大小，但可引起心律失常而导致患者猝死。恶性肿瘤也并非预后皆差，如皮肤基底细胞癌生长缓慢，几乎不发生转移，经治疗后能完全治愈。
肿瘤的良恶性也并非一成不变，有些良性肿瘤如不及时治疗，可转变为恶性肿瘤，例如卵巢肿瘤可恶变为卵巢癌。偶尔，恶性肿瘤也可转变为良性肿瘤，例如一种恶性肿瘤的神经母细胞瘤经治疗有时可转变为良性的节细胞神经瘤。
